High-Throughput Screening of Blood Donors for Twelve Human Platelet Antigen Systems Using Next-Generation Sequencing Reveals Detection of Rare Polymorphisms and Two Novel Protein-Changing Variants.

作者:Vorholt SM, Hamker N, Sparka H, Enczmann J, Zeiler T, Reimer T, Fischer J, Balz V.

来源:Transfus Med Hemother. 2020 Feb;47(1):33-44. doi: 10.1159/000504894. 

翻译:李丽兰

摘要

背景:暴露于不匹配的血小板同种异体抗原（HPA）可导致血小板同种免疫的发生。 HPA抗体可引起输血后紫癜，血小板输注无效，以及胎儿和新生儿同种免疫性血小板减少症。为了提供相容的单采血小板，以常规方式鉴定HPA基因型。

方法:在此，我们描述了一种同时对12个不同的HPA系统进行基因分型的新方法，该方法基于下一代测序（NGS）对包括HPA-1至HPA-5，HPA-9w，HPA-10w，HPA-16w，HPA-19w，HPA-27w和新发现的HPA -34w进行基因分型检测鉴定。在大规模筛选中对具有迁移背景的757名献血者和具有西欧血统的547名献血者样本进行了基因分型。开发了内部软件以进行快速和自动分析。TaqMan分析和Sanger测序结果可用于验证NGS工作流程。最后，将献血者根据其来源国分为几组，并比较HPA等位基因频率。

结果:针对采集的1,304个样本中，成功完成了1,299个样本（99.6％）的NGS检测。与使用TaqMan测定和Sanger测序结果比较，一致性为99.8％。通过TaqMan分析在两个样品中观察到的由罕见的单核苷酸多态性引起的等位基因缺失被NGS解决。此外，在基因ITGB3，GPB1A，ITGBA2和CD109的编码区中检测到20个罕见的和两个新的变异体。确定的等位基因频率类似于在gnomAD数据库中发布的频率。

结论:在整个分析组中，除南亚血统献血者组中HPA-1b等位基因频率相对较低外，HPA-1至HPA-5和HPA-15的等位基因频率分布没有显着差异。相反，尚未被表型表征的其他核苷酸变异体在具有迁移背景的献血者中发生的频率高于无迁移背景献血者的三倍。基于NGS的高通量扩增是一种可靠的方法，可同时筛查大量样本人群中的HPA基因型。它易于升级，无需更改设置或分析流程亦可对其他目标进行基因分型。大规模筛查方法将有助于建立血小板供血者库，以提供匹配的血液制品。

关键词:高通量；人类血小板抗原；下一代测序；